Мухи могут быть очень надоедливыми и неприятными вредителями, более того, они представляют опасность для здоровья людей и домашнего скота, так как могут быть переносчиками большого количества заболеваний, в том числе кишечных инфекций, таких как сальмонеллез, е. coli., дизентерия, диарея, брюшной тиф, холера и другие. Мухи также переносят и распространяют вирусные инфекции, такие как полиомиелит, глазные инфекции, такие как трахома (вызывающая слепоту) и эпидемический конъюнктивит, а также кожные инфекции, такие как кожная дифтерия, проказа, фрамбезия и другие. По сравнению с другими насекомыми, которые переносят и передают различные заболевания, мухи являются причиной одного из самых высоких показателей заболеваемости.
Пока мухи ползают и кормятся на открытом воздухе, они могут подхватывать болезнетворные организмы. Некоторые виды мух могут даже кусать, вызывая зуд и даже сильную боль. Например, известно, что амбарные мухи сосут кровь домашних животных, а иногда даже людей, мясные мухи питаются кровью птенцов птиц, а слепни питаются лошадиной кровью. Мухи также могут загрязнять источники пищи, что недопустимо, когда речь идет о пищевых предприятиях. Если проблема с мухами развилась и остается неконтролируемой, она может перерасти в серьезное заражение, которое требует профессионального подхода.